Quando os Estados Unidos foram forçados a entrar na Segunda Guerra Mundial, o Boeing 314 era o único avião no mundo capaz de voar quase 2.000 milhas náuticas sobre o mar. Isso tornou a aeronave importante do ponto de vista militar, e tanto a Marinha quanto o Exército americano requisitaram os aviões. No US Army Air Corps, o 314 foi denominado C-98. As tripulações da Pan Am foram mantidas pelos militares, no entanto, devido à sua grande experiência em voos de longo curso sobre o mar.
Entre as diversas missões cumpridas pelos 314 durante a Segunda Guerra Mundial, estão os voos de carga e pessoal via Natal e Libéria, para as tropas inglesas no Norte da África. A aeronave também fez voos para abastecer os russos, voando via Teerã. Quando o Presidente Franklin D. Roosevelt foi à Conferência de Casablanca, em 1943, viajou a bordo de um 314 com tripulação da Pan Am. Winston Churchill também foi passageiro do 314 várias vezes durante a guerra.
Porto Alegre por ser uma cidae as margens de um grande estuário, recebeu muitos deste tipo de aviões, na decada de 1940.
